Geboren in Wolfhagen, studierte Jürgen Heyde Osteuropäische Geschichte, Slavistik und Mittlere Geschichte an den Universitäten Gießen, Mainz, Warschau und Berlin. Er promovierte 1998 an der Freien Universität Berlin und habilitierte im Dezember 2009.
Von 1998 bis 2003 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Deutschen Historischen Institut in Warschau und von 2003 bis 2013 wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Geschichte der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg. Seit 2014 ist er am Leibniz-Institut für Geschichte und Kultur des östlichen Europa (GWZO) tätig.
Seine Forschungsschwerpunkte sind transkulturelle Verflechtungen im östlichen Europa in Mittelalter und Früher Neuzeit, die Geschichte Polens sowie die polnisch-jüdischen Beziehungen vom Mittelalter bis ins frühe 20. Jahrhundert und die Geschichte Nordosteuropas in der Frühen Neuzeit.